半吊子除靈師參上！ 都市的街頭，一群吃人的「念靈」正悄悄在人類世界擴張他們的勢力。 項飛，一個半吊子除靈師，在將‘貪’念靈消滅之際，卻被念靈意外侵入體內，自此命運之輪緩緩轉動…… 在這個物欲橫流的大都市里，每個人都擁有自己的欲望。 當欲望開始失控，產生邪念，它就能凝聚成型，化為靈體，從而控制人類。 這種靈體生物，人們稱之為‘念靈’！ 所謂萬物相生相克，有靈，便會有除靈。

這家叫做“妙藥堂”的中醫診所，他的擁有者是家里世代行醫的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發生了各種各樣的故事……

原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。